O Programa foi criado em 2003, com o intuito de expansão de produção de conhecimento de qualidade. O Objetivo principal é produzir conhecimento por meio de pesquisa científica de vanguarda. Neste processo de busca pela excelência em pesquisa, inclui-se, especificamente, a disseminação do conhecimento para a formação de novos pesquisadores de vanguarda, tanto em nível de graduação (iniciação científica), quanto de pós-graduação (Mestrado e Doutorado).

O programa tem o primeiro acordo de cooperação internacional com dupla titulação da FMRP-USP. Este acordo foi estabelecido entre o nosso programa de pós-graduação e a Universidade de Milão, na Itália. Além disso, temos acordo de cooperação internacional com a Universidade de Cincinnati, Universidade de Salamanca e Universidade do Porto, e estamos oficializando novo convênio, com a Universidade do Minho.

O programa já titulou 87 Mestrados e 124 Doutorados, sendo que 71 desses estão inseridos em instituições de ensino e pesquisa nacionais ou internacionais. Outros ainda participam de Centros onde há atendimentos aos pacientes do SUS. 

O programa também tem investido nos seus laboratórios de pesquisa, que hoje estão em pleno funcionamento, e equipados. Outras pesquisas contam ainda com a cooperação de outros laboratórios dentro da instituição, ou ainda com Convênios Nacionais e Internacionais.