Os cursos de pós-graduação na USP, no formato que existem hoje, iniciaram-se em 1969, quando o MEC promoveu a criação oficial dos cursos de pós-graduação no Brasil. Entretanto, a formação de doutores pela Universidade de São Paulo é anterior à iniciativa do governo federal. A primeira tese de doutorado em Geografia foi defendida em 1944. 

A prática da pesquisa é inerente ao Departamento de Geografia desde sua fundação (em 1934), trazida pela experiência dos cientistas sociais franceses, como Mombeig, De Martonne, Deffontaines, Braudel, Roger e Jean Bastide, entre outros. Contudo, com a extinção das cátedras, as pesquisas coletivas ou em equipe deixaram de ser conduzidas por estas, dando lugar, cada vez mais, aos projetos temáticos integrados nas áreas de pesquisas coordenadas pelos laboratórios especializados do então Instituto de Geografia, e em geral, apoiados pelas agências de fomento, especialmente FAPESP e CNPq.

O Departamento de Geografia conta, desde 1971, com dois programas de pós-graduação: Geografia Física e Geografia Humana, ambos com cursos de Mestrado e Doutorado. Juntos, os programas formaram, até 2009, 712 mestres e 543 doutores.  

Linhas de pesquisa da Geografia Humana:

• 1. Teoria e Método em Geografia;
• 2. Geografia Política, Planejamento e Recursos Naturais;
• 3. Cartografia, Geoprocessamento, Imagens e Representações do Espaço Geográfico;
• 4. Geografia da Cidade e do Urbano;
• 5. Território, Economia e Dinâmicas Regionais;
• 6. Geografia, Educação e Ensino;
• 7. Território, Agricultura e Sociedade.

Normas do programa (Regimento de Pós-Graduação - Resolução nº 6542/2013)