O curso de Pós-Graduação em Microbiologia foi criado em 1982, tem por objetivo formar Mestres e Doutores, com perfis de docentes e pesquisadores nas diferentes áreas da microbiologia.

Esses profissionais são capacitados para trabalhar em instituições de ensino superior, de pesquisa e desenvolvimento e em pesquisa e inovação na indústria. O programa, em sintonia com os constantes avanços da ciência e visando atender as necessidades atuais, oferece formação multidisciplinar em Bacteriologia, Virologia e, possibilitando a atuação profissional nos mais variados campos da  Microbiologia.

Os alunos e orientadores do curso são profissionais graduados em Biologia, Medicina, Farmácia, Veterinária, Odontologia, Biomedicina, Química, Engenharia e outras áreas afins. Desde a sua criação, formou pesquisadores distribuídos por todo o país e também no exterior. A maior parte dos doutores egressos do nosso programa de pós-graduação encontra-se absorvido em instituições de ensino e pesquisa. Porém, pela natureza do curso, muitos egressos trabalham em empresas públicas e privadas, na produção de fármacos, alimentos, cosméticos, bem como na inovação tecnológica. 

A secretaria do programa está localizada no Departamento de Microbiologia do Instituto de Ciências Biomédicas da Universidade de São Paulo.