O Programa de Pós-Graduação em Arqueologia (Mestrado e Doutorado) existe na Universidade de São Paulo desde 1972, primeiro como área de concentração do programa de Antropologia Social, e mais tarde como um programa independente, vinculado ao Museu de Arqueologia e Etnologia. O PPGArq tem compromisso com uma formação abrangente e completa, advindo daí a exigência de intensa participação em projetos de pesquisa, tanto em campo quanto em laboratório, podendo para isso dispor dos laboratórios do MAE, assim como sua biblioteca, a melhor do gênero no país. Vários projetos de caráter interdisciplinar propiciam aos alunos envolvimento com uma Arqueologia profundamente conectada com disciplinas afins como a História, a Antropologia, a Geologia, Biologia, entre outras.

Em síntese, suas linhas de pesquisa são:

• Arqueologia e Ambiente
• Arqueologia e Identidade
• Arqueologia e Sociedade