O Programa de Pós-graduação em Fitopatologia oferece os cursos de mestrado e doutorado com foco nos aspectos fundamentais dos agentes causais de doenças de plantas relativos à capacidade de infectar o hospedeiro e aos impactos das doenças resultantes deste processo. 

Nossas linhas de pesquisa incluem a caracterização biológica de fungos, bactérias, vírus e nematoides como agentes causais de doenças; epidemiologia; patologia de sementes; genética, ultraestrutura e fisiologia das interações planta-patógenos; e o controle de doenças de pós-colheita.

Criado em 1964, é um dos cursos fundadores da pós-graduação na ESALQ e já formou 398 profissionais. O programa oferece 18 disciplinas e seu corpo docente é constituído por 11 professores.