O Programa de Pós-Graduação em Oceanografia (PPGO) está vinculado ao IOUSP e oferece cursos Strictu-Sensu de Mestrado e Doutorado. O programa é resultado da fusão dos três programas oferecidos até 2010 (Oceanografia Biológica, Oceanografia Química e Geológica e Oceanografia Física) e herda o histórico e tradição de mais de 40 anos de pós-graduação no IOUSP, tendo outorgado mais de 700 títulos (aproximadamente 500 mestres e 260 doutores).

Os Editais do processo seletivo são divulgados com antecedência mínima de 30 dias. O processo seletivo para o Mestrado ocorre uma vez por ano, geralmente entre os meses de outubro e novembro. O ingresso para o Doutorado segue o Edital de fluxo contínuo.

O PPGO se destaca pela diversidade das linhas de pesquisa, contanto com orientadores dotados de competência nas diferentes áreas da oceanografia. O programa possui quatro áreas de concentração com suas respectivas linhas de pesquisa:

Oceanografia Biológica

• Usos, Impactos e Gestão dos Recursos e Ecossistemas Marinhos
• Estrutura e Funcionamento de Ecossistemas Marinhos

Oceanografia Física

• Circulação Oceânica em Grande e Meso-Escalas
• Dinâmica da Plataforma Continental e de Estuários

Oceanografia Química

• Biogeoquímica marinha e dinâmica de interfaces
• Química orgânica marinha

Oceanografia Geológica

• Sedimentação marinha
• Evolução dos fundos marinhos e paleoceanografia

Um dos objetivos do PPGO é formar especialistas na análise de variações temporais e espaciais dos processos físicos, químicos, geológicos e biológicos em ambientes costeiros e oceânicos, no contexto do conjunto de suas linhas de pesquisa. Essa diversidade temática possibilita a interação entre as diferentes áreas de concentração e o contato e colaboração com pesquisadores de outros Institutos da USP e outras instituições do Brasil e do exterior.