Desde 1971 são oferecidos os cursos de Mestrado e Doutorado, inicialmente no Programa de Pós-Graduação em Pediatria e, a partir de 2006, em Saúde da Criança e do Adolescente, vinculados ao Departamento de Puericultura e Pediatria, para formação de docentes/pesquisadores nessa área do saber.

O Programa recebe alunos com formação na área médica (médicos pediatras e de outras especialidades) e profissionais não médicos (enfermeiros, nutricionistas, fisioterapeutas, terapeutas ocupacionais, psicólogos, biólogos, biomédicos, farmacêuticos, etc) interessados em desenvolver pesquisas relacionadas à saúde da criança e do adolescente.

No Mestrado, o aluno deverá se familiarizar com a metodologia científica, metodologia de ensino e aprofundar-se na área específica de seu objeto de estudo. No Doutorado, além disto, deverá definir e se encaminhar para uma linha própria de investigação, com aprofundamento metodológico nessa área. Para isto, juntamente com o orientador, escolherá disciplinas optativas que permitam atingir o objetivo desejado. 

O Programa possui linhas de pesquisa e infraestrutura para pesquisa em nível individual (clínico e laboratorial), experimental e no campo da epidemiologia da saúde da criança e do adolescente. Mantém estreita colaboração com outros departamentos e centros de pesquisa no país e no exterior, o que amplia muito as opções disponíveis para os alunos.