O Programa de Pós-graduação em Ecologia da Universidade de São Paulo (PPGE-USP) foi criado em 1982 e a partir de 1993 passou a formar doutores. O PPGE-USP é um dos cursos mais bem conceituados (nível 6) na área de Biodiversidade da CAPES.

Caracteriza-se por abranger uma ampla gama de linhas de pesquisa, com abordagens evolutiva, ecossistêmica ou mais aplicada, tanto em ambientes terrestres quanto aquáticos, marinhos e continentais. Desde sua criação, já formou 270 mestres e 137 doutores, compreendendo um total de 342 egressos – 65 dos quais fizeram mestrado e doutorado no programa.

O principal objetivo do PPGE-USP é a formação de mestres e doutores em ecologia com ampla visão dos diversos níveis de organização da biodiversidade e que estejam adequadamente instrumentados para a condução, com qualidade, dos procedimentos científicos. Adicionalmente, proporcionamos amplas condições para o debate e a divulgação dos trabalhos científicos, tanto dentro da nossa instituição quanto fora dela.

O PPGE-USP diferencia-se de outros programas em ecologia brasileiros por formar profissionais com um perfil de atuação bastante amplo, incluindo profissionais de alto nível acadêmico, mas também capazes de ocupar cargos de relevância em várias áreas de atuação aplicadas à conservação da biodiversidade.