O objetivo do programa é a formação acadêmica de mestres e doutores para profissionais com graduação na área da saúde, médicos ou não, para atuarem em Universidades ou na iniciativa privada em condições de realizar investigações clínica ou experimental sob a perspectiva da interdisciplinaridade. Não possui caráter profissionalizante, nem de formação complementar ou capacitação técnica. 

Desenvolve-se nas áreas de atuação do Departamento de Gastroenterologia:

• Gastroenterologia Clínica;
• Hepatologia;
• Cirurgia do Aparelho Digestivo; 
• Coloproctologia;
• Endoscopia;
• Nutrição e Transplante de Órgãos.

Em 2006, o Departamento de Gastroenterologia buscando aprimorar a qualidade dos seu programa de Pós-Graduação, reformulou os programas Cirurgia do Aparelho Digestivo e Gastroenterologia Clínica, e iniciou processo de fusão, salientando as suas vantagens institucionais. O processo de unificação foi aprovado pela Pró-Reitoria de Pós-graduação da Universidade de São Paulo em 2009, quando recebeu parecer favorável unânime da Câmara de Avaliação com a denominação de Programa de Pós Graduação em Ciências em Gastroenterologia com curso de mestrado e doutorado senso estrito. Em 2011 a Proposta da Unificação dos Programas foi aprovada pela CAPES com nota 5 e no último triênio sua avaliação foi mantida na nota 5.