O Museu de Zoologia oferece o Programa de Pós-Graduação em Sistemática, Taxonomia Animal e Biodiversidade, nos níveis de Mestrado e Doutorado.
O curso é moldado para atender a estudantes interessados em desenvolver carreiras acadêmicas e de pesquisa em biologia comparada, sistemática e evolução.
O Programa enfatiza fortemente trabalhos em sistemática, taxonomia, reconstrução filogenética, biogeografia e ecologia histórica, cobrindo também outras áreas relacionadas à biologia evolutiva, de acordo com as qualificações do corpo de orientadores. Os trabalhos desenvolvidos são geralmente aplicados a grupos específicos de animais, especialmente aqueles com representação no acervo do MZ, mas pesquisas teóricas e metodológicas também se enquadram no escopo do programa.
A diversidade biológica não está limitada por fronteiras nacionais e seu estudo não pode ser igualmente limitado, e desta forma o Programa promove enfaticamente a internacionalização de suas atividades. O curso atende alunos tanto do país como do exterior, com normas que possibilitem a participação destes últimos com poucos entraves.
A formação de profissionais de outros países é desejável tanto para a criação de vínculos científicos internacionais, como para o desenvolvimento da ciência de modo geral.