Durante cerca de 20 anos, até o fim dos anos 90, foi o único curso em nível de doutorado no Brasil em Pteridófitas, Briófitas, Líquens, Fungos e Algas Marinhas Bentônicas.

Em 1998 foram iniciadas orientações em Genética Molecular de Plantas, hoje Biologia de Sistemas e, em 2005, foram iniciadas orientações em Recursos Econômicos Vegetais.

Atualmente, o Programa engloba seis subáreas de conhecimento da Botânica:

Anatomia de Plantas Vasculares
Biologia de Sistemas
Biologia do Desenvolvimento Vegetal
Biologia e Diversidade de Algas
Recursos Econômicos Vegetais
Sistemática, Evolução e Biogeografia de Plantas Vasculares