O Programa de Pós-Graduação em Ciências Odontológicas congrega atualmente dez Áreas de Concentração: Cirurgia e Traumatologia Buco-Maxilofaciais, Clínica Integrada, Endodontia, Odontopediatria, Odontologia Legal, Odontologia Social, Ortodontia, Periodontia, Prótese Buco-Maxilofacial e Prótese Dentária.
As linhas de pesquisas desenvolvidas são: Resposta biológica nas terapias de Odontologia; Epidemiologia, diagnóstico e prevenção em Odontologia; Saúde, Educação e Sociedade; e Procedimentos odontológicos e propriedades de materiais e instrumentos.
As linhas são compostas por 40 projetos desenvolvidos pelos professores com colaboração do corpo discente de pós-graduação e graduação, gerando uma expressiva produção intelectual qualitativa. Em muitos projetos há integração com professores de Instituições de Ensino Internacionais.
As disciplinas estão divididas entre Núcleo Fundamental e Núcleo de Concentração que são ministradas pelos professores permanentes e contam com alguns professores colaboradores. Vale ressaltar que uma das disciplinas é ministrada em inglês, e o ensino a distância tem sido desenvolvido, pois há uma disciplina de Teleodontologia.
São desenvolvidas atividades de Inserção Social e Solidariedade, além de amplo atendimento clínico à comunidade, projetos sociais são desenvolvidos em convênio com Ministério da Saúde, Secretarias Municipais ou Empresas Privadas.