Estabelecido recentemente em consequência da destacada atuação brasileira na área de estudos genômicos e pós-genômicos, os programas de Mestrado e Doutorado em Bioinformática Interunidades da USP visam atender a consequente demanda para um programa no nível de pós-graduação que trate simultaneamente os aspectos biológicos e computacionais nesta área.
Dessa maneira, o programa tem como objetivo a formação de recursos humanos de excelência que possam atuar tanto em pesquisa quanto em desenvolvimento e inovação. Esse programa é constituído de muitas das principais unidades de pesquisa em biologia e informática da USP, abrangendo áreas como estudo do genoma, transcritoma, proteoma, metaboloma, biologia estrutural, biologia sistêmica, entre outras.
A definição de trabalho que o Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática da Universidade de São Paulo usa para entender o que é Bioinformática está em linha com a interpretação mais inclusiva do termo: Bioinformática é o estudo da aplicação de técnicas computacionais e matemáticas à geração e gerenciamento de informação pela/para Biologia e/ou Biotecnologia.
De forma a atender especificamente à ampla multidisciplinaridade característica dessa área, um núcleo de disciplinas básicas foi estabelecido que deverá permitir aos ingressantes da área biológica um nivelamento adequado em exatas, e vice-versa. O programa de créditos é complementado por disciplinas mais específicas e avançadas, que poderão ser cursadas em qualquer campi da USP, a serem definidas em função dos programas de pesquisa de cada aluno.